Wirus pstrości liści maliny (Raspberry leaf mottle virus, RLMV), należący do rodziny Closteroviridae, rodzaju Closterovirus, jest jednym z wirusów powodujących mozaikę maliny. Objawy chorobowe są zróżnicowane w zależności od wirusów i ich szczepów, lecz zwykle na porażonych krzewach obserwuje się przebarwienie liści oraz deformację i rozpadanie się owoców podczas zbioru.
Celem badań była charakterystyka molekularna izolatów RLMV wykrytych na plantacjach w centralnej i południowo-wschodniej Polsce.
W latach 2016-2018 prowadzono lustracje 34 plantacji maliny zlokalizowanych w centralnej i południowo-wschodniej Polsce. Próby liści pobrano losowo ze 146 roślin, wśród których 17 wykazywało objawy chorobowe. RNA wirusa izolowano z liści metodą adsorpcji na żelu krzemionkowym, a następnie fragmenty genomu zawierające homolog białka płaszcza (CPh) oraz helikazę amplifikowano w reakcji „one-step” RT-PCR. Uzyskane fragmenty zsekwencjonowano, a otrzymane sekwencje CPh i helikazy analizowano z wykorzystaniem oprogramowania pakietu Lasergene 7.1 (DNASTAR). Analizę filogenetyczną przeprowadzono metodą największej wiarygodności (MEGA 5.2).
RLMV wykryto w pięciu badanych próbach liści maliny odmian: Malling Promise (MPrOK1 i MPrOk2), Canby (CanKop), Polka (PolKop) i Malling Seedling (MSeWa) zebranych w południowo-wschodniej części kraju. Na roślinach tych występowały chlorotyczne plamy na liściach (1 A) oraz deformacja i rozpadanie się owoców (1 B).
Sekwencje 386 nukleotydów (nt) CPh pięciu wykrytych izolatów wirusa były identyczne i w bazie GenBank zdeponowano jedną z nich - PolKop (MT241265). Podobieństwo sekwencji nt polskich izolatów z sekwencjami szczepów RLMV 'HCRL Glen Clova' z USA (DQ357218) i 'SCRI stock' z Wielkiej Brytanii (FN391551) wynosiło odpowiednio 97,7% i 99%, zaś sekwencji aminokwasów (aa) - 99,2% w przypadku obu szczepów referencyjnych. Na drzewie filogenetycznym polskie izolaty oraz szczep z Wielkiej Brytanii lokowały się w tym samym kladzie, w odróżnieniu od szczepów wirusa z USA (fot. 2 A).
Podobieństwo sekwencji nukleotydów (660 nt) i aminokwasów w obrębie helikazy izolatów MPrOK1, MPrOk2, CanKop, PolKop i MSeWa wynosiło odpowiednio 98,5-100% i 99,5- 100%, zaś podobieństwo analogicznych sekwencji polskich izolatów i szczepów referencyjnych ‘HCRL Glen Clova’ oraz ‘RMG’ z Bośni i Hercegowiny - 98%. Wykryte w naszym kraju izolaty tworzyły na drzewie filogenetycznym odrębną gałąź, niż oba szczepy pochodzące z zagranicy (fot. 2 B). Sekwencje nukleotydów helikazy pięciu polskich izolatów zdeponowano w bazie GenBank (MT847633-MT8347637).
RYS. 2. Drzewo filogenetyczne skonstruowane metodą największej wiarygodności (ML; Maximum Likelihood) odzwierciedlające podobieństwo sekwencji nukleotydów homologu białka płaszcza (CPh) (A) oraz helikazy (B) izolatów wirusa pstrości liści maliny wykrytych w Polsce (pogrubiona czcionka) oraz analogicznych sekwencji RLMV znajdujących się w bazie GenBank.
W pięciu roślinach maliny z objawami mozaiki wykryto wirusa pstrości liści maliny. Analiza sekwencji nukleotydów i aminokwasów w regionie homologu białka płaszcza wykazało wyższe podobieństwo tych izolatów ze szczepem z Wielkiej Brytanii, niż ze szczepami pochodzącymi z USA. Zmienność genetyczna polskich izolatów była większa w obrębie regionu helikazy, niż we fragmencie genomu obejmującym homolog białka płaszcza.
62. Ogólnopolska Konferencja Ochrony Roślin Sadowniczych – Charakterystyka izolatów wirusa pstrości liści maliny - Mirosława Cieślińska Instytut Ogrodnictwa - Państwowy Instytut Badawczyźródło: inhort.pl
- źródło: inhort.pl
- foto: inhort.pl
Najnowsze komentarze